یکی از مهم‌ترین دلایل عدم کسر خودکار بدهی شهروند، احترام به حقوق شهروندی در انتخاب زمان پرداخت و نوع برداشت از حساب است. چراکه پرداخت عوارض طرح ترافیک، تنها خدمت موجود در سامانه تهران من نیست و خدمات دیگری همچون خرید بلیت مترو، پرداخت عوارض خودرو و پارک حاشیه‌ای نیز وجود دارند که نیازمند پرداخت بوده و شهرداری تهران نه تنها به دلیل نوع ساز و کارِ تعریف شده برای سامانه، بلکه به دلیل احترام به حق انتخاب شهروندان نمی‌تواند رأساً به برداشت بدهی بلافاصله پس از شارژ از حساب شهروندان اقدام کند.
بدیهی است که شهرداری تهران، موظف به اعلام بدهی شهروند و مطلع کردن او از میزان و دلیل بدهکاری ثبت شده است. همواره یک هفته تا ده روز پس از تردد شهروند، صورتحساب صادر می‌شود و در صورت عدم وجود مبلغی در حساب شهروندی در زمان محاسبه، بدهی ثبت شده و قابل مشاهده و پرداخت توسط شهروندان است. بنابراین شهروندان پس از انجام محاسبات روزانه صورتحساب ترددها، به وسیله پیامک از بدهکاری در سامانه مطلع می‌شوند و برای پرداخت آن نیز راه‌های گوناگونی پیش پای آن‌هاست. روش‌های حضوری و غیرحضوری برای استعلام و پرداخت بدهی خودرو در سامانه تهران من درج شده است.
به غیر از شارژ کیف پول در سامانه تهران من و مراجعه به فهرست ترددهای ثبت شده، شماره گیری کد دستوری #3*3*137* و همچنین پرداخت آنلاین از طریق کارت بانکی و یا درگاه‌های همکار با شهرداری تهران از دیگر راه‌های استعلام و پرداخت بدهی است. مراجعه به دفاتر خدمات الکترونیک شهر و دفاتر پیشخوان دولت نیز از جمله راه‌های پرداخت حضوری بدهی خودرو است.
تنها مواردی که برداشت از حساب شهروند به صورت خودکار انجام شده، محاسبات فصلی است که در بازه‌های زمانی ۳ ماهه انجام می‌شود. در این موارد، صورت حسابی کلی صادر شده و در آن پس از بررسی بدهی‌ها، برداشت به صورت خودکار صورت گرفته است.
این عملیات محاسبه به دلیل سنگینی و گستردگی ابعاد آن هر ۳ ماه یک بار به صورت سیستمی و شبانه انجام شده و فرض بر این است که شهروند صبح روز بعد از آن مطلع شده و فرصت تصمیم گیری برای شارژ مجدد حساب خود دارد و این یکی از دلایل برداشت خودکار در این موارد خاص است.
اما شهروند در این عملیات ادواری ممکن است به دلیل عدم پرداخت طولانی مدت بدهی خود متضرر شود. چراکه عوارض تردد در محدوده طرح پس از یک ماه، 20 درصد افزایش پیدا می‌کند. بنابراین بهتر است شهروندان برای پرداخت بدهی از یکی از راه‌های موجود برای پرداخت بدهی استفاده کنند.
در پایان لازم است تاکید شود برای شهروندانی که حساب خود را شارژ کرده اما بدهی خود را با تاخیر پرداخت کرده‌اند، جریمه‌ای برای آنها صادر نشده و لذا برخلاف آنچه در گزارش برخی مطبوعات و رسانه‌ها آمده، ادعای هرگونه اعمال جریمه در خلافی خودرو این دسته از شهروندان تکذیب می شود.